Guix Debug: profile contains conflicting entries

Table of Contents

Problem

Overview

One day, I did the usual guix pull followed by guix package -u to get the latest Guix and upgrade my packages. However, there was a problem upgrading because of conflicting entries in the store:

guix package: error: profile contains conflicting entries for harfbuzz
guix package: error:   first entry: harfbuzz@2.6.4 /gnu/store/kpknxy9xfpcwh8waa9lfzcm7jdii5smm-harfbuzz-2.6.4
guix package: error:    ... propagated from pango@1.44.7
guix package: error:    ... propagated from gtk+@3.24.24
guix package: error:    ... propagated from xfce4-panel@4.16.3
guix package: error:   second entry: harfbuzz@3.0.0 /gnu/store/3cg8z3q1ga7y7gn4y2vqzvzb6gwx5i4i-harfbuzz-3.0.0
hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `harfbuzz', or remove one of them from
the profile.

Following the hint led to similar hints which eventually allowed the upgrade to happen. The problem reappeared, however, on the next upgrade attempt several days later. When it reappeared, the hints led in a circlular path so that the upgrade couldn't happen.

Solution

The issue, it seems, is that at some point, I had installed harfbuzz version 3 through guix package1. This was a problem because harfbuzz is a propagated input to another package (pango) and version 2 is needed by it. Propagated inputs are dependencies that are automatically installed in a profile along with some required package as part of the package definition.

Looking at the error message, we see that xfce4-panel required gtk which required pango which propagated harfbuzz.

guix package: error: profile contains conflicting entries for harfbuzz
guix package: error:   first entry: harfbuzz@2.6.4 /gnu/store/kpknxy9xfpcwh8waa9lfzcm7jdii5smm-harfbuzz-2.6.4
guix package: error:    ... propagated from pango@1.44.7
guix package: error:    ... propagated from gtk+@3.24.24
guix package: error:    ... propagated from xfce4-panel@4.16.3
guix package: error:   second entry: harfbuzz@3.0.0 /gnu/store/3cg8z3q1ga7y7gn4y2vqzvzb6gwx5i4i-harfbuzz-3.0.0
hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `harfbuzz', or remove one of them from
the profile.

Recall that a profile (e.g. ~/.guix-profile) contains a set of symlinks which point to the packages in the store. So, Guix saw two packages with different versions in the store and didn't know how to go about upgrading them; it wanted to upgrade version 2 to version 3, but there was already a version 3 present.

A package version is usually specified at install. That is, its version would be, at some level, declared in a manifest or within a guix package call (e.g. guix install harfbuzz@3.0.0). When Guix later goes to upgrade, it can work with a package variable that specifies the exact version a package is built against.

Propagated inputs, however, are treated differently. When trying to upgrade, Guix gets confused because it has a package variable which specifies the needed version and it also sees another version installed about which it lacks information. Basically, which package should Guix upgrade, the human installed version or the propagated input? This is the cause of the "conflicting entries" error.

The fix was to remove the human installed version of harfbuzz with guix remove harfbuzz.

Details

The problem appeared when trying to upgrade packages.

guix pull
Updating channel 'guix' from Git repository at 'https://git.savannah.gnu.org/git/guix.git'...
[                                                                              ]
receiving objects   1% [                                                                              ]
receiving objects   2% [#                                                                             ]
receiving objects   3% [##                                                                            ]
receiving objects   4% [###                                                                           ]
receiving objects   5% [###                                                                           ]
receiving objects   6% [####                                                                          ]
receiving objects   7% [#####                                                                         ]
receiving objects   8% [######                                                                        ]
receiving objects   9% [######                                                                        ]
receiving objects  10% [#######                                                                       ]
receiving objects  11% [########                                                                      ]
receiving objects  12% [#########                                                                     ]
receiving objects  13% [##########                                                                    ]
receiving objects  14% [##########                                                                    ]
receiving objects  15% [###########                                                                   ]
receiving objects  16% [############                                                                  ]
receiving objects  17% [#############                                                                 ]
receiving objects  18% [#############                                                                 ]
receiving objects  19% [##############                                                                ]
receiving objects  20% [###############                                                               ]
receiving objects  21% [################                                                              ]
receiving objects  22% [#################                                                             ]
receiving objects  23% [#################                                                             ]
receiving objects  24% [##################                                                            ]
receiving objects  25% [###################                                                           ]
receiving objects  26% [####################                                                          ]
receiving objects  27% [####################                                                          ]
receiving objects  28% [#####################                                                         ]
receiving objects  29% [######################                                                        ]
receiving objects  30% [#######################                                                       ]
receiving objects  31% [########################                                                      ]
receiving objects  32% [########################                                                      ]
receiving objects  33% [#########################                                                     ]
receiving objects  34% [##########################                                                    ]
receiving objects  35% [###########################                                                   ]
receiving objects  36% [###########################                                                   ]
receiving objects  37% [############################                                                  ]
receiving objects  38% [#############################                                                 ]
receiving objects  39% [##############################                                                ]
receiving objects  40% [###############################                                               ]
receiving objects  41% [###############################                                               ]
receiving objects  42% [################################                                              ]
receiving objects  43% [#################################                                             ]
receiving objects  44% [##################################                                            ]
receiving objects  45% [##################################                                            ]
receiving objects  46% [###################################                                           ]
receiving objects  47% [####################################                                          ]
receiving objects  48% [#####################################                                         ]
receiving objects  49% [######################################                                        ]
receiving objects  50% [######################################                                        ]
receiving objects  51% [#######################################                                       ]
receiving objects  52% [########################################                                      ]
receiving objects  53% [#########################################                                     ]
receiving objects  54% [#########################################                                     ]
receiving objects  55% [##########################################                                    ]
receiving objects  56% [###########################################                                   ]
receiving objects  57% [############################################                                  ]
receiving objects  58% [#############################################                                 ]
receiving objects  59% [#############################################                                 ]
receiving objects  60% [##############################################                                ]
receiving objects  61% [###############################################                               ]
receiving objects  62% [################################################                              ]
receiving objects  63% [################################################                              ]
receiving objects  64% [#################################################                             ]
receiving objects  65% [##################################################                            ]
receiving objects  66% [###################################################                           ]
receiving objects  67% [###################################################                           ]
receiving objects  68% [####################################################                          ]
receiving objects  69% [#####################################################                         ]
receiving objects  70% [######################################################                        ]
receiving objects  71% [#######################################################                       ]
receiving objects  72% [#######################################################                       ]
receiving objects  73% [########################################################                      ]
receiving objects  74% [#########################################################                     ]
receiving objects  75% [##########################################################                    ]
receiving objects  76% [##########################################################                    ]
receiving objects  77% [###########################################################                   ]
receiving objects  78% [############################################################                  ]
receiving objects  79% [#############################################################                 ]
receiving objects  80% [##############################################################                ]
receiving objects  81% [##############################################################                ]
receiving objects  82% [###############################################################               ]
receiving objects  83% [################################################################              ]
receiving objects  84% [#################################################################             ]
receiving objects  85% [#################################################################             ]
receiving objects  86% [##################################################################            ]
receiving objects  87% [###################################################################           ]
receiving objects  88% [####################################################################          ]
receiving objects  89% [#####################################################################         ]
receiving objects  90% [#####################################################################         ]
receiving objects  91% [######################################################################        ]
receiving objects  92% [#######################################################################       ]
receiving objects  93% [########################################################################      ]
receiving objects  94% [########################################################################      ]
receiving objects  95% [#########################################################################     ]
receiving objects  96% [##########################################################################    ]
receiving objects  97% [###########################################################################   ]
receiving objects  98% [############################################################################  ]
receiving objects  98% [############################################################################  ]
receiving objects  99% [############################################################################# ]
indexing objects  21% [################                                                               ]
indexing objects  22% [#################                                                              ]
indexing objects  23% [##################                                                             ]
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indexing objects  44% [##################################                                             ]
indexing objects  45% [###################################                                            ]
indexing objects  46% [####################################                                           ]
indexing objects  47% [####################################                                           ]
indexing objects  48% [#####################################                                          ]
indexing objects  49% [######################################                                         ]
indexing objects  50% [#######################################                                        ]
indexing objects  51% [########################################                                       ]
indexing objects  52% [########################################                                       ]
indexing objects  53% [#########################################                                      ]
indexing objects  54% [##########################################                                     ]
indexing objects  55% [###########################################                                    ]
indexing objects  56% [############################################                                   ]
indexing objects  57% [############################################                                   ]
indexing objects  58% [#############################################                                  ]
indexing objects  59% [##############################################                                 ]
indexing objects  60% [###############################################                                ]
indexing objects  61% [###############################################                                ]
indexing objects  62% [################################################                               ]
indexing objects  63% [#################################################                              ]
indexing objects  64% [##################################################                             ]
indexing objects  65% [###################################################                            ]
indexing objects  66% [###################################################                            ]
indexing objects  67% [####################################################                           ]
indexing objects  68% [#####################################################                          ]
indexing objects  69% [######################################################                         ]
indexing objects  70% [#######################################################                        ]
indexing objects  71% [#######################################################                        ]
indexing objects  72% [########################################################                       ]
indexing objects  73% [#########################################################                      ]
indexing objects  74% [##########################################################                     ]
indexing objects  75% [##########################################################                     ]
indexing objects  76% [###########################################################                    ]
indexing objects  77% [############################################################                   ]
indexing objects  78% [#############################################################                  ]
indexing objects  79% [##############################################################                 ]
indexing objects  80% [##############################################################                 ]
indexing objects  81% [###############################################################                ]
indexing objects  82% [################################################################               ]
indexing objects  83% [#################################################################              ]
indexing objects  84% [##################################################################             ]
indexing objects  85% [##################################################################             ]
indexing objects  86% [###################################################################            ]
indexing objects  87% [####################################################################           ]
indexing objects  88% [#####################################################################          ]
indexing objects  89% [#####################################################################          ]
indexing objects  90% [######################################################################         ]
indexing objects  91% [#######################################################################        ]
indexing objects  92% [########################################################################       ]
indexing objects  93% [#########################################################################      ]
indexing objects  94% [#########################################################################      ]
indexing objects  95% [##########################################################################     ]
indexing objects  96% [###########################################################################    ]
indexing objects  97% [############################################################################   ]
indexing objects  98% [#############################################################################  ]
indexing objects  98% [#############################################################################  ]
indexing objects  99% [############################################################################## ]
Authenticating channel 'guix',
 commits 9edb3f6 to f868ed2 (1 new commits)...
#####################################################################################################]
Building from this channel:
  guix      https://git.savannah.gnu.org/git/guix.git	f868ed2
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0%
#################] 100.0%
 compute-guix-derivation  1004B                                65KiB/s 00:00 [##################] 100.0%
Computing Guix derivation for 'x86_64-linux'...  -\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...   9.1%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  18.2%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  27.3%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  36.4%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  45.5%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  54.5%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  63.6%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  72.7%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  81.8%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  90.9%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0%
substitute: updating substitutes from 'https://bordeaux.guix.gnu.org'... 100.0%
The following derivations will be built:
   /gnu/store/kxfqxvwjqn13cv912zf61n5d114cjrxv-profile.drv
   /gnu/store/44dsv6nm325lxm4hmcajzld5x027swgm-profile.drv
   /gnu/store/8z31vgxx3s6fhkpvbph6mn6sk76qjsp8-guix-command.drv
   /gnu/store/b6j0qf0mnd1bxn97zl2b56nxp50y471f-guix-system-modules.drv
   /gnu/store/b7r6z7qvx25c3grz0nndllz0pw0npj1s-guix-system-tests-modules.drv
   /gnu/store/h7925ga9rsnbrbksfryb6swp6ii0k3ib-guix-home-modules.drv
   /gnu/store/jvanmb9cgiv71iqrjh9nxxzmcgnhxiw1-guix-packages-base-modules.drv
   /gnu/store/sw5brv1y77cn5qsnfj5b2qbqndfwskvb-guix-cli-modules.drv
   /gnu/store/hb14db29sqvqmqzid7jmkqfjpc7ljnw7-guix-daemon.drv
   /gnu/store/ww87x230m3f89z1vshnvill1i48pcdy8-inferior-script.scm.drv

42.0 MB will be downloaded
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0%


 guix-cli                                                             491KiB/s 00:00 | 64KiB transferred
 guix-cli                                                            518KiB/s 00:00 | 192KiB transferred
 guix-cli                                                            988KiB/s 00:01 | 576KiB transferred
 guix-cli                                                            1.3MiB/s 00:01 | 1.0MiB transferred
 guix-cli                                                            1.2MiB/s 00:01 | 1.0MiB transferred


 guix-home                                                            497KiB/s 00:00 | 64KiB transferred
 guix-home                                                           511KiB/s 00:00 | 192KiB transferred
 guix-home                                                           750KiB/s 00:00 | 328KiB transferred
#################] 100.0%
 guix-cli-modules  264B                                        39KiB/s 00:00 [##################] 100.0%
#################] 100.0%
 guix-home-modules  265B                                       72KiB/s 00:00 [##################] 100.0%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  508KiB/s 00:00 [                  ]   1.6%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  1.2MiB/s 00:01 [#                 ]   5.8%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  2.1MiB/s 00:01 [##                ]  14.3%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  2.9MiB/s 00:01 [####              ]  24.9%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  2.4MiB/s 00:01 [#####             ]  29.2%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  2.8MiB/s 00:02 [######            ]  37.6%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  3.1MiB/s 00:02 [########          ]  47.2%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  3.3MiB/s 00:02 [##########        ]  56.7%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  3.5MiB/s 00:02 [############      ]  66.8%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  3.7MiB/s 00:02 [#############     ]  75.8%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  3.6MiB/s 00:03 [##############    ]  81.6%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  3.8MiB/s 00:03 [################  ]  91.2%
 guix-packages-base  11.8MiB                                  3.9MiB/s 00:03 [##################] 100.0%


 guix-system                                                          5.9MiB/s 00:00 | 64KiB transferred
 guix-system                                                         3.1MiB/s 00:00 | 704KiB transferred
 guix-system                                                         4.0MiB/s 00:00 | 1.7MiB transferred
 guix-system                                                         4.1MiB/s 00:01 | 2.6MiB transferred
 guix-system                                                         4.0MiB/s 00:01 | 3.6MiB transferred
 guix-system                                                         4.1MiB/s 00:01 | 4.6MiB transferred
 guix-system                                                         4.2MiB/s 00:01 | 5.5MiB transferred
 guix-system                                                         4.1MiB/s 00:02 | 6.1MiB transferred
 guix-system                                                         4.1MiB/s 00:02 | 7.0MiB transferred
 guix-system                                                         4.1MiB/s 00:02 | 7.0MiB transferred
#################] 100.0%
 guix-packages-base-modules  270B                              44KiB/s 00:00 [##################] 100.0%
#################] 100.0%
 guix-system-modules  267B                                     99KiB/s 00:00 [##################] 100.0%


 guix-system-tests                                                    468KiB/s 00:00 | 64KiB transferred
 guix-system-tests                                                   591KiB/s 00:00 | 256KiB transferred
 guix-system-tests                                                   740KiB/s 00:01 | 444KiB transferred
#################] 100.0%
 guix-system-tests-modules  268B                               79KiB/s 00:00 [##################] 100.0%


 guix-f868ed2a7-modules                                               495KiB/s 00:00 | 64KiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              648KiB/s 00:00 | 256KiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              763KiB/s 00:01 | 512KiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              848KiB/s 00:01 | 768KiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              925KiB/s 00:01 | 1.0MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              924KiB/s 00:01 | 1.2MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              964KiB/s 00:02 | 1.4MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              977KiB/s 00:02 | 1.7MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              996KiB/s 00:02 | 1.9MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1008KiB/s 00:02 | 2.2MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1007KiB/s 00:02 | 2.4MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1024KiB/s 00:03 | 2.8MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.0MiB/s 00:03 | 3.1MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.0MiB/s 00:03 | 3.4MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.0MiB/s 00:03 | 3.6MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.0MiB/s 00:04 | 3.9MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.1MiB/s 00:04 | 4.1MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.1MiB/s 00:04 | 4.4MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.1MiB/s 00:04 | 4.8MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.1MiB/s 00:05 | 5.0MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.1MiB/s 00:05 | 5.4MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.1MiB/s 00:05 | 5.7MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.1MiB/s 00:05 | 6.0MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.1MiB/s 00:06 | 6.4MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.2MiB/s 00:06 | 6.7MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.2MiB/s 00:06 | 7.1MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.2MiB/s 00:06 | 7.5MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.2MiB/s 00:07 | 7.9MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.2MiB/s 00:07 | 8.4MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.3MiB/s 00:07 | 8.8MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.3MiB/s 00:07 | 9.4MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                              1.3MiB/s 00:07 | 9.8MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.4MiB/s 00:08 | 10.4MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.4MiB/s 00:08 | 10.9MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.4MiB/s 00:08 | 11.4MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.5MiB/s 00:08 | 12.1MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.5MiB/s 00:08 | 12.6MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.5MiB/s 00:09 | 13.1MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.6MiB/s 00:09 | 13.9MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.6MiB/s 00:09 | 14.6MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.7MiB/s 00:09 | 15.3MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.7MiB/s 00:09 | 16.2MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.8MiB/s 00:10 | 16.9MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.8MiB/s 00:10 | 17.8MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.9MiB/s 00:10 | 18.7MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             1.9MiB/s 00:10 | 19.6MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             2.0MiB/s 00:11 | 20.6MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             2.0MiB/s 00:11 | 21.6MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             2.1MiB/s 00:11 | 22.7MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             2.1MiB/s 00:11 | 23.8MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             2.2MiB/s 00:11 | 24.9MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             2.3MiB/s 00:12 | 26.0MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             2.3MiB/s 00:12 | 26.9MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             2.3MiB/s 00:12 | 27.9MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             2.4MiB/s 00:12 | 28.6MiB transferred
 guix-f868ed2a7-modules                                             2.4MiB/s 00:12 | 29.2MiB transferred
#################] 100.0%
 guix-module-union  3KiB                                      153KiB/s 00:00 [##################] 100.0%
#################] 100.0%
 guix-command  649B                                           340KiB/s 00:00 [##################] 100.0%
#################] 100.0%
 guix-daemon  391B                                             70KiB/s 00:00 [##################] 100.0%
#################] 100.0%
 guix-f868ed2a7  14KiB                                        1.4MiB/s 00:00 [##################] 100.0%

building CA certificate bundle...


listing Emacs sub-directories...


building fonts directory...


building directory of Info manuals...


building database for manual pages...
[#################################################################################################]
100% [#################################################################################################]
100% [#################################################################################################]

building profile with 1 package...


building /gnu/store/ww87x230m3f89z1vshnvill1i48pcdy8-inferior-script.scm.drv...


building package cache...

|
/
-

building profile with 1 package...

New in this revision:
  1 package upgraded: httpd@2.4.50

The pull goes fine. Now, the upgrade fails:

guix package -u
guix package: warning: package 'python-plover-python-dictionary' no longer exists
The following packages will be upgraded:
   dbus-glib               (dependencies or package changed)
   dconf                   (dependencies or package changed)
   emacs                   (dependencies or package changed)
   emacs-guix              (dependencies or package changed)
   evince                  (dependencies or package changed)
   ffmpeg                  (dependencies or package changed)
   gimp                    (dependencies or package changed)
   git                     (dependencies or package changed)
   guvcview                (dependencies or package changed)
   gvfs                    (dependencies or package changed)
   harfbuzz                2.6.4 -> 3.0.0
   icecat                  78.14.0-guix0-preview1 -> 78.15.0-guix0-preview1
   imagemagick             (dependencies or package changed)
   key-mon                 (dependencies or package changed)
   ledger                  (dependencies or package changed)
   linux-libre-headers     5.14.6 -> 5.14.9
   mit-scheme              (dependencies or package changed)
   mpv                     (dependencies or package changed)
   mypaint                 (dependencies or package changed)
   nomacs                  (dependencies or package changed)
   obs                     (dependencies or package changed)
   openssh                 8.7p1 -> 8.8p1
   pavucontrol             (dependencies or package changed)
   plover                  (dependencies or package changed)
   python-language-server  (dependencies or package changed)
   python-pyqt             (dependencies or package changed)
   python-pyqt-builder     (dependencies or package changed)
   python-pyside-2         (dependencies or package changed)
   python-tox              (dependencies or package changed)
   python2-dbus            (dependencies or package changed)
   qtbase                  (dependencies or package changed)
   racket                  (dependencies or package changed)
   redshift                (dependencies or package changed)
   simple-scan             (dependencies or package changed)
   simplescreenrecorder    (dependencies or package changed)
   sox                     (dependencies or package changed)
   thunar-volman           (dependencies or package changed)
   tigervnc-server         (dependencies or package changed)
   ungoogled-chromium      92.0.4515.159-0.8164c91 -> 94.0.4606.71-1
   xev                     (dependencies or package changed)
   xfce4-calculator-plugin (dependencies or package changed)
   xfce4-notifyd           (dependencies or package changed)
   xfce4-panel             (dependencies or package changed)
   xfce4-pulseaudio-plugin (dependencies or package changed)
   xfce4-screenshooter     (dependencies or package changed)
   xfce4-systemload-plugin (dependencies or package changed)
   xfce4-taskmanager       (dependencies or package changed)
   xfce4-time-out-plugin   (dependencies or package changed)
   xfce4-timer-plugin      (dependencies or package changed)
   xfce4-wavelan-plugin    (dependencies or package changed)
   xfce4-xkb-plugin        (dependencies or package changed)
   xhost                   (dependencies or package changed)
   xsane                   (dependencies or package changed)
   xsensors                (dependencies or package changed)

guix package: error: profile contains conflicting entries for harfbuzz
guix package: error:   first entry: harfbuzz@2.6.4 /gnu/store/nzpkvzf9nivja68j5zg3zbpab6483a48-harfbuzz-2.6.4
guix package: error:    ... propagated from pango@1.44.7
guix package: error:    ... propagated from gtk+@3.24.24
guix package: error:    ... propagated from xfce4-panel@4.16.3
guix package: error:   second entry: harfbuzz@3.0.0 /gnu/store/50k251knaya65zb2r5b95wgbqksxihga-harfbuzz-3.0.0
hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `harfbuzz',
 or remove one of them from the profile.

Try to upgrade the first package given in the hint:

guix package -u xfce4-panel
The following package will be upgraded:
   xfce4-panel (dependencies or package changed)

guix package: error: profile contains conflicting entries for mesa
guix package: error:   first entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/nyyddkz1mkfji1gxawnawimi5f4z93m7-mesa-20.2.4
guix package: error:    ... propagated from gtk+@3.24.24
guix package: error:    ... propagated from xfce4-panel@4.16.3
guix package: error:   second entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/mr4scjh2srkhc95jws04rng63ikavwyz-mesa-20.2.4
guix package: error:    ... propagated from qtbase@6.1.1
hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `qtbase',
 or remove one of them from the profile.

The result is basically the same. The packages are slightly different, but the issue is the same. Now, let's try upgrading both packages given in the hint:

guix package -u qtbase xfce4-panel
The following packages will be upgraded:
   qtbase      (dependencies or package changed)
   xfce4-panel (dependencies or package changed)

guix package: error: profile contains conflicting entries for mesa
guix package: error:   first entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/nyyddkz1mkfji1gxawnawimi5f4z93m7-mesa-20.2.4
guix package: error:    ... propagated from qtbase@6.1.1
guix package: error:   second entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/mr4scjh2srkhc95jws04rng63ikavwyz-mesa-20.2.4
guix package: error:    ... propagated from tigervnc-server@1.11.0
hint: Try upgrading both `qtbase' and `tigervnc-server',
 or remove one of them from the profile.

Is this progress? I can't tell. The error is pretty much the same. Only the hint is different. Again, try upgrading what is given in the hint:

guix package -u qtbase tigervnc-server
The following packages will be upgraded:
   qtbase          (dependencies or package changed)
   tigervnc-server (dependencies or package changed)

guix package: error: profile contains conflicting entries for mesa
guix package: error:   first entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/nyyddkz1mkfji1gxawnawimi5f4z93m7-mesa-20.2.4
guix package: error:    ... propagated from tigervnc-server@1.11.0
guix package: error:   second entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/mr4scjh2srkhc95jws04rng63ikavwyz-mesa-20.2.4
guix package: error:    ... propagated from gtk+@3.24.24
guix package: error:    ... propagated from xfce4-panel@4.16.3
hint: Try upgrading both `tigervnc-server' and `xfce4-panel',
 or remove one of them from the profile.

Nope, same issue. Let's try updating them all in one line, although I would expect that the be the same thing as a plain guix package -u.

guix package -u qtbase tigervnc-server xfce4-panel
The following packages will be upgraded:
   qtbase          (dependencies or package changed)
   tigervnc-server (dependencies or package changed)
   xfce4-panel     (dependencies or package changed)
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...   4.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...   8.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  12.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  16.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  20.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  24.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  28.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  32.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  36.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  40.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  44.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  48.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  52.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  56.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  60.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  64.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  68.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  72.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  76.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  80.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  84.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  88.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  92.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'...  96.0%
substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0%
substitute: updating substitutes from 'https://bordeaux.guix.gnu.org'...  50.0%
substitute: updating substitutes from 'https://bordeaux.guix.gnu.org'... 100.0%
223.0 MB will be downloaded
#################] 100.0%
 at-spi2-core-2.34.0-doc  5KiB                                389KiB/s 00:00 [##################] 100.0%
 cmake-minimal-3.16.5  5.6MiB                                 989KiB/s 00:01 [#                 ]   8.9%
 cmake-minimal-3.16.5  5.6MiB                                 1.9MiB/s 00:01 [####              ]  24.5%
 cmake-minimal-3.16.5  5.6MiB                                 2.6MiB/s 00:01 [########          ]  44.6%
 cmake-minimal-3.16.5  5.6MiB                                 3.2MiB/s 00:01 [############      ]  66.9%
 cmake-minimal-3.16.5  5.6MiB                                 3.5MiB/s 00:01 [###############   ]  87.0%
 cmake-minimal-3.16.5  5.6MiB                                 2.9MiB/s 00:02 [################  ]  89.2%
 cmake-minimal-3.16.5  5.6MiB                                 2.6MiB/s 00:02 [################  ]  91.4%
 cmake-minimal-3.16.5  5.6MiB                                 2.6MiB/s 00:02 [##################] 100.0%
 cmake-minimal-3.16.5  5.6MiB                                 2.5MiB/s 00:02 [##################] 100.0%
#################] 100.0%
 libxfce4util-4.16.0  124KiB                                  1.3MiB/s 00:00 [##################] 100.0%
#################] 100.0%
 libxres-1.2.0  9KiB                                          629KiB/s 00:00 [##################] 100.0%
]  10.1%
 python-pygments-2.7.4  1.2MiB                                2.6MiB/s 00:00 [##########        ]  60.7%
 python-pygments-2.7.4  1.2MiB                                2.9MiB/s 00:00 [##################] 100.0%
 qtbase-6.1.1  14.4MiB                                        1.9MiB/s 00:01 [#                 ]   7.0%
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listing Emacs sub-directories...


building fonts directory...


generating GLib schema cache...


creating GTK+ icon theme cache...


building cache files for GTK+ input methods...


building directory of Info manuals...


building database for manual pages...
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  3% [##                                                                                               ]
  3% [##                                                                                               ]
  3% [##                                                                                               ]
  3% [###                                                                                              ]
  3% [###                                                                                              ]
  4% [###                                                                                              ]
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  4% [###                                                                                              ]
  4% [###                                                                                              ]
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  5% [####                                                                                             ]
  5% [####                                                                                             ]
  5% [####                                                                                             ]
  5% [#####                                                                                            ]
  5% [#####                                                                                            ]
  6% [#####                                                                                            ]
  6% [#####                                                                                            ]
  6% [#####                                                                                            ]
  6% [#####                                                                                            ]
  6% [######                                                                                           ]
  7% [######                                                                                           ]
  7% [######                                                                                           ]
  7% [######                                                                                           ]
  7% [######                                                                                           ]
  7% [#######                                                                                          ]
  7% [#######                                                                                          ]
  8% [#######                                                                                          ]
  8% [#######                                                                                          ]
  8% [#######                                                                                          ]
  8% [#######                                                                                          ]
  8% [########                                                                                         ]
  8% [########                                                                                         ]
  9% [########                                                                                         ]
  9% [########                                                                                         ]
  9% [########                                                                                         ]
  9% [########                                                                                         ]
  9% [#########                                                                                        ]
 10% [#########                                                                                        ]
 10% [#########                                                                                        ]
 10% [#########                                                                                        ]
 10% [#########                                                                                        ]
 10% [#########                                                                                        ]
 10% [##########                                                                                       ]
 11% [##########                                                                                       ]
 11% [##########                                                                                       ]
 11% [##########                                                                                       ]
 11% [##########                                                                                       ]
 11% [##########                                                                                       ]
 11% [###########                                                                                      ]
 12% [###########                                                                                      ]
 12% [###########                                                                                      ]
 12% [###########                                                                                      ]
 12% [###########                                                                                      ]
 12% [###########                                                                                      ]
 13% [############                                                                                     ]
 13% [############                                                                                     ]
 13% [############                                                                                     ]
 13% [############                                                                                     ]
 13% [############                                                                                     ]
 13% [#############                                                                                    ]
 14% [#############                                                                                    ]
 14% [#############                                                                                    ]
 14% [#############                                                                                    ]
 14% [#############                                                                                    ]
 14% [#############                                                                                    ]
 14% [##############                                                                                   ]
 15% [##############                                                                                   ]
 15% [##############                                                                                   ]
 15% [##############                                                                                   ]
 15% [##############                                                                                   ]
 15% [##############                                                                                   ]
 16% [###############                                                                                  ]
 16% [###############                                                                                  ]
 16% [###############                                                                                  ]
 16% [###############                                                                                  ]
 16% [###############                                                                                  ]
 16% [###############                                                                                  ]
 17% [################                                                                                 ]
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 17% [################                                                                                 ]
 17% [################                                                                                 ]
 17% [################                                                                                 ]
 18% [#################                                                                                ]
 18% [#################                                                                                ]
 18% [#################                                                                                ]
 18% [#################                                                                                ]
 18% [#################                                                                                ]
 19% [#################                                                                                ]
 19% [##################                                                                               ]
 19% [##################                                                                               ]
 19% [##################                                                                               ]
 19% [##################                                                                               ]
 19% [##################                                                                               ]
 20% [###################                                                                              ]
 20% [###################                                                                              ]
 20% [###################                                                                              ]
 20% [###################                                                                              ]
 20% [###################                                                                              ]
 20% [###################                                                                              ]
 21% [####################                                                                             ]
 21% [####################                                                                             ]
 21% [####################                                                                             ]
 21% [####################                                                                             ]
 21% [####################                                                                             ]
 22% [####################                                                                             ]
 22% [#####################                                                                            ]
 22% [#####################                                                                            ]
 22% [#####################                                                                            ]
 22% [#####################                                                                            ]
 22% [#####################                                                                            ]
 23% [#####################                                                                            ]
 23% [######################                                                                           ]
 23% [######################                                                                           ]
 23% [######################                                                                           ]
 23% [######################                                                                           ]
 23% [######################                                                                           ]
 24% [######################                                                                           ]
 24% [#######################                                                                          ]
 24% [#######################                                                                          ]
 24% [#######################                                                                          ]
 24% [#######################                                                                          ]
 25% [#######################                                                                          ]
 25% [#######################                                                                          ]
 25% [########################                                                                         ]
 25% [########################                                                                         ]
 25% [########################                                                                         ]
 25% [########################                                                                         ]
 26% [########################                                                                         ]
 26% [#########################                                                                        ]
 26% [#########################                                                                        ]
 26% [#########################                                                                        ]
 26% [#########################                                                                        ]
 27% [#########################                                                                        ]
 27% [#########################                                                                        ]
 27% [##########################                                                                       ]
 27% [##########################                                                                       ]
 27% [##########################                                                                       ]
 27% [##########################                                                                       ]
 28% [##########################                                                                       ]
 28% [##########################                                                                       ]
 28% [###########################                                                                      ]
 28% [###########################                                                                      ]
 28% [###########################                                                                      ]
 28% [###########################                                                                      ]
 29% [###########################                                                                      ]
 29% [###########################                                                                      ]
 29% [############################                                                                     ]
 29% [############################                                                                     ]
 29% [############################                                                                     ]
 30% [############################                                                                     ]
 30% [############################                                                                     ]
 30% [############################                                                                     ]
 30% [#############################                                                                    ]
 30% [#############################                                                                    ]
 30% [#############################                                                                    ]
 31% [#############################                                                                    ]
 31% [#############################                                                                    ]
 31% [#############################                                                                    ]
 31% [##############################                                                                   ]
 31% [##############################                                                                   ]
 31% [##############################                                                                   ]
 32% [##############################                                                                   ]
 32% [##############################                                                                   ]
 32% [###############################                                                                  ]
 32% [###############################                                                                  ]
 32% [###############################                                                                  ]
 33% [###############################                                                                  ]
 33% [###############################                                                                  ]
 33% [###############################                                                                  ]
 33% [################################                                                                 ]
 33% [################################                                                                 ]
 33% [################################                                                                 ]
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 34% [#################################                                                                ]
 35% [#################################                                                                ]
 35% [#################################                                                                ]
 35% [#################################                                                                ]
 35% [##################################                                                               ]
 35% [##################################                                                               ]
 36% [##################################                                                               ]
 36% [##################################                                                               ]
 36% [##################################                                                               ]
 36% [##################################                                                               ]
 36% [###################################                                                              ]
 36% [###################################                                                              ]
 37% [###################################                                                              ]
 37% [###################################                                                              ]
 37% [###################################                                                              ]
 37% [###################################                                                              ]
 37% [####################################                                                             ]
 37% [####################################                                                             ]
 38% [####################################                                                             ]
 38% [####################################                                                             ]
 38% [####################################                                                             ]
 38% [#####################################                                                            ]
 38% [#####################################                                                            ]
 39% [#####################################                                                            ]
 39% [#####################################                                                            ]
 39% [#####################################                                                            ]
 39% [#####################################                                                            ]
 39% [######################################                                                           ]
 39% [######################################                                                           ]
 40% [######################################                                                           ]
 40% [######################################                                                           ]
 40% [######################################                                                           ]
 40% [######################################                                                           ]
 40% [#######################################                                                          ]
 40% [#######################################                                                          ]
 41% [#######################################                                                          ]
 41% [#######################################                                                          ]
 41% [#######################################                                                          ]
 41% [#######################################                                                          ]
 41% [########################################                                                         ]
 42% [########################################                                                         ]
 42% [########################################                                                         ]
 42% [########################################                                                         ]
 42% [########################################                                                         ]
 42% [########################################                                                         ]
 42% [#########################################                                                        ]
 43% [#########################################                                                        ]
 43% [#########################################                                                        ]
 43% [#########################################                                                        ]
 43% [#########################################                                                        ]
 43% [#########################################                                                        ]
 43% [##########################################                                                       ]
 44% [##########################################                                                       ]
 44% [##########################################                                                       ]
 44% [##########################################                                                       ]
 44% [##########################################                                                       ]
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 46% [############################################                                                     ]
 46% [#############################################                                                    ]
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 48% [##############################################                                                   ]
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 52% [##################################################                                               ]
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 53% [###################################################                                              ]
 53% [###################################################                                              ]
 53% [###################################################                                              ]
 53% [###################################################                                              ]
 54% [###################################################                                              ]
 54% [####################################################                                             ]
 54% [####################################################                                             ]
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 57% [#######################################################                                          ]
 58% [#######################################################                                          ]
 58% [########################################################                                         ]
 58% [########################################################                                         ]
 58% [########################################################                                         ]
 58% [########################################################                                         ]
 58% [########################################################                                         ]
 59% [########################################################                                         ]
 59% [#########################################################                                        ]
 59% [#########################################################                                        ]
 59% [#########################################################                                        ]
 59% [#########################################################                                        ]
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 60% [#########################################################                                        ]
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building XDG desktop file cache...


building XDG MIME database...


building profile with 79 packages...

That worked. It appears that the order may matter for upgrades.

However, the upgrade didn't fix the underlying issue. The next time I tried to upgrade, several days later, the same error apeared and the previous sequence no longer worked. Instead, it took me in a circle:

ahab@pequod ~$ guix package -u
guix package: warning: package 'python-plover-python-dictionary' no longer exists
The following packages will be upgraded:
   dbus-glib               (dependencies or package changed)
   dconf                   (dependencies or package changed)
   dosfstools              (dependencies or package changed)
   emacs                   (dependencies or package changed)
   emacs-guix              (dependencies or package changed)
   evince                  (dependencies or package changed)
   ffmpeg                  (dependencies or package changed)
   gimp                    2.10.24 -> 2.10.28
   git                     (dependencies or package changed)
   greybird-gtk-theme      (dependencies or package changed)
   guvcview                (dependencies or package changed)
   gvfs                    (dependencies or package changed)
   harfbuzz                2.6.4 -> 3.0.0
   icecat                  78.14.0-guix0-preview1 -> 78.15.0-guix0-preview1
   imagemagick             (dependencies or package changed)
   key-mon                 (dependencies or package changed)
   ledger                  (dependencies or package changed)
   libnotify               (dependencies or package changed)
   linux-libre-headers     5.14.6 -> 5.14.11
   mit-scheme              (dependencies or package changed)
   mpv                     (dependencies or package changed)
   mypaint                 (dependencies or package changed)
   nomacs                  (dependencies or package changed)
   obs                     (dependencies or package changed)
   openssh                 8.7p1 -> 8.8p1
   pavucontrol             (dependencies or package changed)
   plover                  (dependencies or package changed)
   python                  (dependencies or package changed)
   python-dbus             (dependencies or package changed)
   python-language-server  (dependencies or package changed)
   python-pyqt             (dependencies or package changed)
   python-pyqt-builder     (dependencies or package changed)
   python-pyqt5-sip        (dependencies or package changed)
   python-pyside-2         (dependencies or package changed)
   python-tox              (dependencies or package changed)
   python2-dbus            (dependencies or package changed)
   qtbase                  (dependencies or package changed)
   racket                  (dependencies or package changed)
   redshift                (dependencies or package changed)
   ripgrep                 (dependencies or package changed)
   simple-scan             (dependencies or package changed)
   simplescreenrecorder    (dependencies or package changed)
   sox                     (dependencies or package changed)
   thunar-volman           (dependencies or package changed)
   tigervnc-server         (dependencies or package changed)
   ungoogled-chromium      92.0.4515.159-0.8164c91 -> 94.0.4606.81-1
   vim                     8.2.2689 -> 8.2.3487
   xev                     (dependencies or package changed)
   xfce4-calculator-plugin (dependencies or package changed)
   xfce4-notifyd           (dependencies or package changed)
   xfce4-panel             (dependencies or package changed)
   xfce4-pulseaudio-plugin (dependencies or package changed)
   xfce4-screenshooter     (dependencies or package changed)
   xfce4-systemload-plugin (dependencies or package changed)
   xfce4-taskmanager       (dependencies or package changed)
   xfce4-time-out-plugin   (dependencies or package changed)
   xfce4-timer-plugin      (dependencies or package changed)
   xfce4-wavelan-plugin    (dependencies or package changed)
   xfce4-xkb-plugin        (dependencies or package changed)
   xhost                   (dependencies or package changed)
   xsane                   (dependencies or package changed)
   xsensors                (dependencies or package changed)

guix package: error: profile contains conflicting entries for harfbuzz
guix package: error:   first entry: harfbuzz@2.6.4 /gnu/store/kpknxy9xfpcwh8waa9lfzcm7jdii5smm-harfbuzz-2.6.4
guix package: error:    ... propagated from pango@1.44.7
guix package: error:    ... propagated from gtk+@3.24.24
guix package: error:    ... propagated from xfce4-panel@4.16.3
guix package: error:   second entry: harfbuzz@3.0.0 /gnu/store/3cg8z3q1ga7y7gn4y2vqzvzb6gwx5i4i-harfbuzz-3.0.0
hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `harfbuzz', or remove one of them from
the profile.

ahab@pequod ~$ guix package -u xfce4-panel harfbuzz
The following packages will be upgraded:
   harfbuzz    2.6.4 -> 3.0.0
   xfce4-panel (dependencies or package changed)

guix package: error: profile contains conflicting entries for glib
guix package: error:   first entry: glib@2.62.6 /gnu/store/3374zddwfb0m8711k2jrvhwr1s2fkvq3-glib-2.62.6
guix package: error:    ... propagated from at-spi2-core@2.34.0
guix package: error:    ... propagated from at-spi2-atk@2.34.1
guix package: error:    ... propagated from gtk+@3.24.24
guix package: error:    ... propagated from xfce4-panel@4.16.3
guix package: error:   second entry: glib@2.62.6 /gnu/store/27xq83rm2f45y5yq9i3ydpnc2mdj5hgs-glib-2.62.6
guix package: error:    ... propagated from libnotify@0.7.9
hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `libnotify', or remove one of them
from the profile.

ahab@pequod ~$ guix package -u xfce4-panel harfbuzz libnotify
The following packages will be upgraded:
   harfbuzz    2.6.4 -> 3.0.0
   libnotify   (dependencies or package changed)
   xfce4-panel (dependencies or package changed)

guix package: error: profile contains conflicting entries for glib
guix package: error:   first entry: glib@2.62.6 /gnu/store/3374zddwfb0m8711k2jrvhwr1s2fkvq3-glib-2.62.6
guix package: error:    ... propagated from at-spi2-core@2.34.0
guix package: error:    ... propagated from at-spi2-atk@2.34.1
guix package: error:    ... propagated from gtk+@3.24.24
guix package: error:    ... propagated from xfce4-panel@4.16.3
guix package: error:   second entry: glib@2.62.6 /gnu/store/27xq83rm2f45y5yq9i3ydpnc2mdj5hgs-glib-2.62.6
guix package: error:    ... propagated from dbus-glib@0.110
hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `dbus-glib', or remove one of them
from the profile.

ahab@pequod ~$ guix package -u xfce4-panel harfbuzz libnotify dbus-glib
The following packages will be upgraded:
   dbus-glib   (dependencies or package changed)
   harfbuzz    2.6.4 -> 3.0.0
   libnotify   (dependencies or package changed)
   xfce4-panel (dependencies or package changed)

guix package: error: profile contains conflicting entries for glib
guix package: error:   first entry: glib@2.62.6 /gnu/store/3374zddwfb0m8711k2jrvhwr1s2fkvq3-glib-2.62.6
guix package: error:    ... propagated from at-spi2-core@2.34.0
guix package: error:    ... propagated from at-spi2-atk@2.34.1
guix package: error:    ... propagated from gtk+@3.24.24
guix package: error:    ... propagated from xfce4-panel@4.16.3
guix package: error:   second entry: glib@2.62.6 /gnu/store/27xq83rm2f45y5yq9i3ydpnc2mdj5hgs-glib-2.62.6
guix package: error:    ... propagated from dconf@0.36.0
hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `dconf', or remove one of them from
the profile.

ahab@pequod ~$ guix package -u xfce4-panel harfbuzz libnotify dbus-glib dconf
The following packages will be upgraded:
   dbus-glib   (dependencies or package changed)
   dconf       (dependencies or package changed)
   harfbuzz    2.6.4 -> 3.0.0
   libnotify   (dependencies or package changed)
   xfce4-panel (dependencies or package changed)

guix package: error: profile contains conflicting entries for mesa
guix package: error:   first entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/qh60cbpv5g5698xgh305gnyjkf1s9jmd-mesa-20.2.4
guix package: error:    ... propagated from gtk+@3.24.24
guix package: error:    ... propagated from xfce4-panel@4.16.3
guix package: error:   second entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/nyyddkz1mkfji1gxawnawimi5f4z93m7-mesa-20.2.4
guix package: error:    ... propagated from qtbase@6.1.1
hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `qtbase', or remove one of them from
the profile.

ahab@pequod ~$ guix package -u xfce4-panel harfbuzz libnotify dbus-glib dconf qtbase
The following packages will be upgraded:
   dbus-glib   (dependencies or package changed)
   dconf       (dependencies or package changed)
   harfbuzz    2.6.4 -> 3.0.0
   libnotify   (dependencies or package changed)
   qtbase      (dependencies or package changed)
   xfce4-panel (dependencies or package changed)

guix package: error: profile contains conflicting entries for mesa
guix package: error:   first entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/qh60cbpv5g5698xgh305gnyjkf1s9jmd-mesa-20.2.4
guix package: error:    ... propagated from qtbase@6.1.1
guix package: error:   second entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/nyyddkz1mkfji1gxawnawimi5f4z93m7-mesa-20.2.4
guix package: error:    ... propagated from tigervnc-server@1.11.0
hint: Try upgrading both `qtbase' and `tigervnc-server', or remove one of them
from the profile.

ahab@pequod ~$ guix package -u xfce4-panel harfbuzz libnotify dbus-glib dconf qtbase tigervnc-server
The following packages will be upgraded:
   dbus-glib       (dependencies or package changed)
   dconf           (dependencies or package changed)
   harfbuzz        2.6.4 -> 3.0.0
   libnotify       (dependencies or package changed)
   qtbase          (dependencies or package changed)
   tigervnc-server (dependencies or package changed)
   xfce4-panel     (dependencies or package changed)

guix package: error: profile contains conflicting entries for harfbuzz
guix package: error:   first entry: harfbuzz@2.6.4 /gnu/store/kpknxy9xfpcwh8waa9lfzcm7jdii5smm-harfbuzz-2.6.4
guix package: error:    ... propagated from pango@1.44.7
guix package: error:    ... propagated from gtk+@3.24.24
guix package: error:    ... propagated from xfce4-panel@4.16.3
guix package: error:   second entry: harfbuzz@3.0.0 /gnu/store/3cg8z3q1ga7y7gn4y2vqzvzb6gwx5i4i-harfbuzz-3.0.0
hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `harfbuzz', or remove one of them from
the profile.
ahab@pequod ~$

Lessons learned

What is a profile?

A profile is a directory of symlinks located at ~/.guix-profile.

Propagated inputs can cause conflicts

Propagated inputs are treated somehow differently. It's still not 100% clear how or why, but it's good to know they're a potential source of errors.

Package upgrades can be run in different orders

By using guix package -u to specify a regex, the upgrade order can be changed. The order packages are upgraded may make a difference.

Guix is resilient

On one hand, Guix caused the problem by not being able to handle propagated inputs. On the other, resolving things was as simple as guix remove harfbuzz. My system wasn't put in an unusable state and I have confidence that nothing weird is going on behind the scenes; the issue really boiled down to an unneeded symlink. I simply removed the unneeded package from the store and removed the symlink from the profile. Nothing else should have changed on the system.

Footnotes:

1

Strangely, harfbuzz version 3 didn't show up in guix package --list-generations | grep harfbuzz. It's not clear where the version 3 came from.

Initial: 2021-10-06 Update: 2021-10-15

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