Guix Debug: profile contains conflicting entries
Table of Contents
Problem
Overview
One day, I did the usual guix pull
followed by guix package -u
to
get the latest Guix and upgrade my packages. However, there was a
problem upgrading because of conflicting entries in the store:
guix package: error: profile contains conflicting entries for harfbuzz guix package: error: first entry: harfbuzz@2.6.4 /gnu/store/kpknxy9xfpcwh8waa9lfzcm7jdii5smm-harfbuzz-2.6.4 guix package: error: ... propagated from pango@1.44.7 guix package: error: ... propagated from gtk+@3.24.24 guix package: error: ... propagated from xfce4-panel@4.16.3 guix package: error: second entry: harfbuzz@3.0.0 /gnu/store/3cg8z3q1ga7y7gn4y2vqzvzb6gwx5i4i-harfbuzz-3.0.0 hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `harfbuzz', or remove one of them from the profile.
Following the hint led to similar hints which eventually allowed the upgrade to happen. The problem reappeared, however, on the next upgrade attempt several days later. When it reappeared, the hints led in a circlular path so that the upgrade couldn't happen.
Solution
The issue, it seems, is that at some point, I had installed harfbuzz
version 3 through guix package
1. This was a problem because
harfbuzz
is a propagated input to another package (pango
) and
version 2 is needed by it. Propagated inputs are dependencies that
are automatically installed in a profile along with some required
package as part of the package definition.
Looking at the error message, we see that xfce4-panel
required gtk
which required pango
which propagated harfbuzz
.
guix package: error: profile contains conflicting entries for harfbuzz guix package: error: first entry: harfbuzz@2.6.4 /gnu/store/kpknxy9xfpcwh8waa9lfzcm7jdii5smm-harfbuzz-2.6.4 guix package: error: ... propagated from pango@1.44.7 guix package: error: ... propagated from gtk+@3.24.24 guix package: error: ... propagated from xfce4-panel@4.16.3 guix package: error: second entry: harfbuzz@3.0.0 /gnu/store/3cg8z3q1ga7y7gn4y2vqzvzb6gwx5i4i-harfbuzz-3.0.0 hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `harfbuzz', or remove one of them from the profile.
Recall that a profile (e.g. ~/.guix-profile
) contains a set of
symlinks which point to the packages in the store. So, Guix saw two
packages with different versions in the store and didn't know how to
go about upgrading them; it wanted to upgrade version 2 to version 3,
but there was already a version 3 present.
A package version is usually specified at install. That is, its
version would be, at some level, declared in a manifest or within a
guix package
call (e.g. guix install harfbuzz@3.0.0
). When Guix
later goes to upgrade, it can work with a package variable that
specifies the exact version a package is built against.
Propagated inputs, however, are treated differently. When trying to upgrade, Guix gets confused because it has a package variable which specifies the needed version and it also sees another version installed about which it lacks information. Basically, which package should Guix upgrade, the human installed version or the propagated input? This is the cause of the "conflicting entries" error.
The fix was to remove the human installed version of harfbuzz
with
guix remove harfbuzz
.
Details
The problem appeared when trying to upgrade packages.
guix pull
Updating channel 'guix' from Git repository at 'https://git.savannah.gnu.org/git/guix.git'... [ ] receiving objects 1% [ ] receiving objects 2% [# ] receiving objects 3% [## ] receiving objects 4% [### ] receiving objects 5% [### ] receiving objects 6% [#### ] receiving objects 7% [##### ] receiving objects 8% [###### ] receiving objects 9% [###### ] receiving objects 10% [####### ] receiving objects 11% [######## ] receiving objects 12% [######### ] receiving objects 13% [########## ] receiving objects 14% [########## ] receiving objects 15% [########### ] receiving objects 16% [############ ] receiving objects 17% [############# ] receiving objects 18% [############# ] receiving objects 19% [############## ] receiving objects 20% [############### ] receiving objects 21% [################ ] receiving objects 22% [################# ] receiving objects 23% [################# ] receiving objects 24% [################## ] receiving objects 25% [################### ] receiving objects 26% [#################### ] receiving objects 27% [#################### ] receiving objects 28% [##################### ] receiving objects 29% [###################### ] receiving objects 30% [####################### ] receiving objects 31% [######################## ] receiving objects 32% [######################## ] receiving objects 33% [######################### ] receiving objects 34% [########################## ] receiving objects 35% [########################### ] receiving objects 36% [########################### ] receiving objects 37% [############################ ] receiving objects 38% [############################# ] receiving objects 39% [############################## ] receiving objects 40% [############################### ] receiving objects 41% [############################### ] receiving objects 42% [################################ ] receiving objects 43% [################################# ] receiving objects 44% [################################## ] receiving objects 45% [################################## ] receiving objects 46% 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[############################################### ] receiving objects 62% [################################################ ] receiving objects 63% [################################################ ] receiving objects 64% [################################################# ] receiving objects 65% [################################################## ] receiving objects 66% [################################################### ] receiving objects 67% [################################################### ] receiving objects 68% [#################################################### ] receiving objects 69% [##################################################### ] receiving objects 70% [###################################################### ] receiving objects 71% [####################################################### ] receiving objects 72% [####################################################### ] receiving objects 73% [######################################################## ] receiving objects 74% [######################################################### ] receiving objects 75% [########################################################## ] receiving objects 76% [########################################################## ] receiving objects 77% [########################################################### ] receiving objects 78% [############################################################ ] receiving objects 79% [############################################################# ] receiving objects 80% [############################################################## ] receiving objects 81% [############################################################## ] receiving objects 82% [############################################################### ] receiving objects 83% [################################################################ ] receiving objects 84% [################################################################# ] receiving objects 85% 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[######################################################################### ] receiving objects 96% [########################################################################## ] receiving objects 97% [########################################################################### ] receiving objects 98% [############################################################################ ] receiving objects 98% [############################################################################ ] receiving objects 99% [############################################################################# ] indexing objects 21% [################ ] indexing objects 22% [################# ] indexing objects 23% [################## ] indexing objects 24% [################## ] indexing objects 25% [################### ] indexing objects 26% [#################### ] indexing objects 27% [##################### ] indexing objects 28% [###################### ] indexing objects 29% [###################### ] indexing objects 30% [####################### ] indexing objects 31% [######################## ] indexing objects 32% [######################### ] indexing objects 33% [######################### ] indexing objects 34% [########################## ] indexing objects 35% [########################### ] indexing objects 36% [############################ ] indexing objects 37% [############################# ] indexing objects 38% [############################# ] indexing objects 39% [############################## ] indexing objects 40% [############################### ] indexing objects 41% [################################ ] indexing objects 42% [################################# ] indexing objects 43% [################################# ] indexing objects 44% [################################## ] indexing objects 45% [################################### ] indexing objects 46% [#################################### ] indexing objects 47% [#################################### ] indexing objects 48% [##################################### ] indexing objects 49% [###################################### ] indexing objects 50% [####################################### ] indexing objects 51% [######################################## ] indexing objects 52% [######################################## ] indexing objects 53% [######################################### ] indexing objects 54% [########################################## ] indexing objects 55% [########################################### ] indexing objects 56% [############################################ ] indexing objects 57% [############################################ ] indexing objects 58% [############################################# ] indexing objects 59% [############################################## ] indexing objects 60% [############################################### ] indexing objects 61% [############################################### ] indexing objects 62% [################################################ ] indexing objects 63% [################################################# ] indexing objects 64% [################################################## ] indexing objects 65% [################################################### ] indexing objects 66% [################################################### ] indexing objects 67% [#################################################### ] indexing objects 68% [##################################################### ] indexing objects 69% [###################################################### ] indexing objects 70% [####################################################### ] indexing objects 71% [####################################################### ] indexing objects 72% [######################################################## ] indexing objects 73% [######################################################### ] indexing objects 74% [########################################################## ] indexing objects 75% [########################################################## ] indexing objects 76% [########################################################### ] indexing objects 77% [############################################################ ] indexing objects 78% [############################################################# ] indexing objects 79% [############################################################## ] indexing objects 80% [############################################################## ] indexing objects 81% [############################################################### ] indexing objects 82% [################################################################ ] indexing objects 83% [################################################################# ] indexing objects 84% [################################################################## ] indexing objects 85% [################################################################## ] indexing objects 86% [################################################################### ] indexing objects 87% [#################################################################### ] indexing objects 88% [##################################################################### ] indexing objects 89% [##################################################################### ] indexing objects 90% [###################################################################### ] indexing objects 91% [####################################################################### ] indexing objects 92% [######################################################################## ] indexing objects 93% [######################################################################### ] indexing objects 94% [######################################################################### ] indexing objects 95% [########################################################################## ] indexing objects 96% [########################################################################### ] indexing objects 97% [############################################################################ ] indexing objects 98% [############################################################################# ] indexing objects 98% [############################################################################# ] indexing objects 99% [############################################################################## ] Authenticating channel 'guix', commits 9edb3f6 to f868ed2 (1 new commits)... #####################################################################################################] Building from this channel: guix https://git.savannah.gnu.org/git/guix.git f868ed2 substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0% #################] 100.0% compute-guix-derivation 1004B 65KiB/s 00:00 [##################] 100.0% Computing Guix derivation for 'x86_64-linux'... -\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/-\|/- substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 9.1% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 18.2% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 27.3% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 36.4% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 45.5% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 54.5% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 63.6% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 72.7% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 81.8% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 90.9% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0% substitute: updating substitutes from 'https://bordeaux.guix.gnu.org'... 100.0% The following derivations will be built: /gnu/store/kxfqxvwjqn13cv912zf61n5d114cjrxv-profile.drv /gnu/store/44dsv6nm325lxm4hmcajzld5x027swgm-profile.drv /gnu/store/8z31vgxx3s6fhkpvbph6mn6sk76qjsp8-guix-command.drv /gnu/store/b6j0qf0mnd1bxn97zl2b56nxp50y471f-guix-system-modules.drv /gnu/store/b7r6z7qvx25c3grz0nndllz0pw0npj1s-guix-system-tests-modules.drv /gnu/store/h7925ga9rsnbrbksfryb6swp6ii0k3ib-guix-home-modules.drv /gnu/store/jvanmb9cgiv71iqrjh9nxxzmcgnhxiw1-guix-packages-base-modules.drv /gnu/store/sw5brv1y77cn5qsnfj5b2qbqndfwskvb-guix-cli-modules.drv /gnu/store/hb14db29sqvqmqzid7jmkqfjpc7ljnw7-guix-daemon.drv /gnu/store/ww87x230m3f89z1vshnvill1i48pcdy8-inferior-script.scm.drv 42.0 MB will be downloaded substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0% guix-cli 491KiB/s 00:00 | 64KiB transferred guix-cli 518KiB/s 00:00 | 192KiB transferred guix-cli 988KiB/s 00:01 | 576KiB transferred guix-cli 1.3MiB/s 00:01 | 1.0MiB transferred guix-cli 1.2MiB/s 00:01 | 1.0MiB transferred guix-home 497KiB/s 00:00 | 64KiB transferred guix-home 511KiB/s 00:00 | 192KiB transferred guix-home 750KiB/s 00:00 | 328KiB transferred #################] 100.0% guix-cli-modules 264B 39KiB/s 00:00 [##################] 100.0% #################] 100.0% guix-home-modules 265B 72KiB/s 00:00 [##################] 100.0% guix-packages-base 11.8MiB 508KiB/s 00:00 [ ] 1.6% guix-packages-base 11.8MiB 1.2MiB/s 00:01 [# ] 5.8% guix-packages-base 11.8MiB 2.1MiB/s 00:01 [## ] 14.3% guix-packages-base 11.8MiB 2.9MiB/s 00:01 [#### ] 24.9% guix-packages-base 11.8MiB 2.4MiB/s 00:01 [##### ] 29.2% guix-packages-base 11.8MiB 2.8MiB/s 00:02 [###### ] 37.6% guix-packages-base 11.8MiB 3.1MiB/s 00:02 [######## ] 47.2% guix-packages-base 11.8MiB 3.3MiB/s 00:02 [########## ] 56.7% guix-packages-base 11.8MiB 3.5MiB/s 00:02 [############ ] 66.8% guix-packages-base 11.8MiB 3.7MiB/s 00:02 [############# ] 75.8% guix-packages-base 11.8MiB 3.6MiB/s 00:03 [############## ] 81.6% guix-packages-base 11.8MiB 3.8MiB/s 00:03 [################ ] 91.2% guix-packages-base 11.8MiB 3.9MiB/s 00:03 [##################] 100.0% guix-system 5.9MiB/s 00:00 | 64KiB transferred guix-system 3.1MiB/s 00:00 | 704KiB transferred guix-system 4.0MiB/s 00:00 | 1.7MiB transferred guix-system 4.1MiB/s 00:01 | 2.6MiB transferred guix-system 4.0MiB/s 00:01 | 3.6MiB transferred guix-system 4.1MiB/s 00:01 | 4.6MiB transferred guix-system 4.2MiB/s 00:01 | 5.5MiB transferred guix-system 4.1MiB/s 00:02 | 6.1MiB transferred guix-system 4.1MiB/s 00:02 | 7.0MiB transferred guix-system 4.1MiB/s 00:02 | 7.0MiB transferred #################] 100.0% guix-packages-base-modules 270B 44KiB/s 00:00 [##################] 100.0% #################] 100.0% guix-system-modules 267B 99KiB/s 00:00 [##################] 100.0% guix-system-tests 468KiB/s 00:00 | 64KiB transferred guix-system-tests 591KiB/s 00:00 | 256KiB transferred guix-system-tests 740KiB/s 00:01 | 444KiB transferred #################] 100.0% guix-system-tests-modules 268B 79KiB/s 00:00 [##################] 100.0% guix-f868ed2a7-modules 495KiB/s 00:00 | 64KiB transferred guix-f868ed2a7-modules 648KiB/s 00:00 | 256KiB transferred guix-f868ed2a7-modules 763KiB/s 00:01 | 512KiB transferred guix-f868ed2a7-modules 848KiB/s 00:01 | 768KiB transferred guix-f868ed2a7-modules 925KiB/s 00:01 | 1.0MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 924KiB/s 00:01 | 1.2MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 964KiB/s 00:02 | 1.4MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 977KiB/s 00:02 | 1.7MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 996KiB/s 00:02 | 1.9MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1008KiB/s 00:02 | 2.2MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1007KiB/s 00:02 | 2.4MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1024KiB/s 00:03 | 2.8MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.0MiB/s 00:03 | 3.1MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.0MiB/s 00:03 | 3.4MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.0MiB/s 00:03 | 3.6MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.0MiB/s 00:04 | 3.9MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.1MiB/s 00:04 | 4.1MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.1MiB/s 00:04 | 4.4MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.1MiB/s 00:04 | 4.8MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.1MiB/s 00:05 | 5.0MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.1MiB/s 00:05 | 5.4MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.1MiB/s 00:05 | 5.7MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.1MiB/s 00:05 | 6.0MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.1MiB/s 00:06 | 6.4MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.2MiB/s 00:06 | 6.7MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.2MiB/s 00:06 | 7.1MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.2MiB/s 00:06 | 7.5MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.2MiB/s 00:07 | 7.9MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.2MiB/s 00:07 | 8.4MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.3MiB/s 00:07 | 8.8MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.3MiB/s 00:07 | 9.4MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.3MiB/s 00:07 | 9.8MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.4MiB/s 00:08 | 10.4MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.4MiB/s 00:08 | 10.9MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.4MiB/s 00:08 | 11.4MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.5MiB/s 00:08 | 12.1MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.5MiB/s 00:08 | 12.6MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.5MiB/s 00:09 | 13.1MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.6MiB/s 00:09 | 13.9MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.6MiB/s 00:09 | 14.6MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.7MiB/s 00:09 | 15.3MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.7MiB/s 00:09 | 16.2MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.8MiB/s 00:10 | 16.9MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.8MiB/s 00:10 | 17.8MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.9MiB/s 00:10 | 18.7MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 1.9MiB/s 00:10 | 19.6MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 2.0MiB/s 00:11 | 20.6MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 2.0MiB/s 00:11 | 21.6MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 2.1MiB/s 00:11 | 22.7MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 2.1MiB/s 00:11 | 23.8MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 2.2MiB/s 00:11 | 24.9MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 2.3MiB/s 00:12 | 26.0MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 2.3MiB/s 00:12 | 26.9MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 2.3MiB/s 00:12 | 27.9MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 2.4MiB/s 00:12 | 28.6MiB transferred guix-f868ed2a7-modules 2.4MiB/s 00:12 | 29.2MiB transferred #################] 100.0% guix-module-union 3KiB 153KiB/s 00:00 [##################] 100.0% #################] 100.0% guix-command 649B 340KiB/s 00:00 [##################] 100.0% #################] 100.0% guix-daemon 391B 70KiB/s 00:00 [##################] 100.0% #################] 100.0% guix-f868ed2a7 14KiB 1.4MiB/s 00:00 [##################] 100.0% building CA certificate bundle... listing Emacs sub-directories... building fonts directory... building directory of Info manuals... building database for manual pages... [#################################################################################################] 100% [#################################################################################################] 100% [#################################################################################################] building profile with 1 package... building /gnu/store/ww87x230m3f89z1vshnvill1i48pcdy8-inferior-script.scm.drv... building package cache... | / - building profile with 1 package... New in this revision: 1 package upgraded: httpd@2.4.50
The pull goes fine. Now, the upgrade fails:
guix package -u
guix package: warning: package 'python-plover-python-dictionary' no longer exists The following packages will be upgraded: dbus-glib (dependencies or package changed) dconf (dependencies or package changed) emacs (dependencies or package changed) emacs-guix (dependencies or package changed) evince (dependencies or package changed) ffmpeg (dependencies or package changed) gimp (dependencies or package changed) git (dependencies or package changed) guvcview (dependencies or package changed) gvfs (dependencies or package changed) harfbuzz 2.6.4 -> 3.0.0 icecat 78.14.0-guix0-preview1 -> 78.15.0-guix0-preview1 imagemagick (dependencies or package changed) key-mon (dependencies or package changed) ledger (dependencies or package changed) linux-libre-headers 5.14.6 -> 5.14.9 mit-scheme (dependencies or package changed) mpv (dependencies or package changed) mypaint (dependencies or package changed) nomacs (dependencies or package changed) obs (dependencies or package changed) openssh 8.7p1 -> 8.8p1 pavucontrol (dependencies or package changed) plover (dependencies or package changed) python-language-server (dependencies or package changed) python-pyqt (dependencies or package changed) python-pyqt-builder (dependencies or package changed) python-pyside-2 (dependencies or package changed) python-tox (dependencies or package changed) python2-dbus (dependencies or package changed) qtbase (dependencies or package changed) racket (dependencies or package changed) redshift (dependencies or package changed) simple-scan (dependencies or package changed) simplescreenrecorder (dependencies or package changed) sox (dependencies or package changed) thunar-volman (dependencies or package changed) tigervnc-server (dependencies or package changed) ungoogled-chromium 92.0.4515.159-0.8164c91 -> 94.0.4606.71-1 xev (dependencies or package changed) xfce4-calculator-plugin (dependencies or package changed) xfce4-notifyd (dependencies or package changed) xfce4-panel (dependencies or package changed) xfce4-pulseaudio-plugin (dependencies or package changed) xfce4-screenshooter (dependencies or package changed) xfce4-systemload-plugin (dependencies or package changed) xfce4-taskmanager (dependencies or package changed) xfce4-time-out-plugin (dependencies or package changed) xfce4-timer-plugin (dependencies or package changed) xfce4-wavelan-plugin (dependencies or package changed) xfce4-xkb-plugin (dependencies or package changed) xhost (dependencies or package changed) xsane (dependencies or package changed) xsensors (dependencies or package changed) guix package: error: profile contains conflicting entries for harfbuzz guix package: error: first entry: harfbuzz@2.6.4 /gnu/store/nzpkvzf9nivja68j5zg3zbpab6483a48-harfbuzz-2.6.4 guix package: error: ... propagated from pango@1.44.7 guix package: error: ... propagated from gtk+@3.24.24 guix package: error: ... propagated from xfce4-panel@4.16.3 guix package: error: second entry: harfbuzz@3.0.0 /gnu/store/50k251knaya65zb2r5b95wgbqksxihga-harfbuzz-3.0.0 hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `harfbuzz', or remove one of them from the profile.
Try to upgrade the first package given in the hint:
guix package -u xfce4-panel
The following package will be upgraded: xfce4-panel (dependencies or package changed) guix package: error: profile contains conflicting entries for mesa guix package: error: first entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/nyyddkz1mkfji1gxawnawimi5f4z93m7-mesa-20.2.4 guix package: error: ... propagated from gtk+@3.24.24 guix package: error: ... propagated from xfce4-panel@4.16.3 guix package: error: second entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/mr4scjh2srkhc95jws04rng63ikavwyz-mesa-20.2.4 guix package: error: ... propagated from qtbase@6.1.1 hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `qtbase', or remove one of them from the profile.
The result is basically the same. The packages are slightly different, but the issue is the same. Now, let's try upgrading both packages given in the hint:
guix package -u qtbase xfce4-panel
The following packages will be upgraded: qtbase (dependencies or package changed) xfce4-panel (dependencies or package changed) guix package: error: profile contains conflicting entries for mesa guix package: error: first entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/nyyddkz1mkfji1gxawnawimi5f4z93m7-mesa-20.2.4 guix package: error: ... propagated from qtbase@6.1.1 guix package: error: second entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/mr4scjh2srkhc95jws04rng63ikavwyz-mesa-20.2.4 guix package: error: ... propagated from tigervnc-server@1.11.0 hint: Try upgrading both `qtbase' and `tigervnc-server', or remove one of them from the profile.
Is this progress? I can't tell. The error is pretty much the same. Only the hint is different. Again, try upgrading what is given in the hint:
guix package -u qtbase tigervnc-server
The following packages will be upgraded: qtbase (dependencies or package changed) tigervnc-server (dependencies or package changed) guix package: error: profile contains conflicting entries for mesa guix package: error: first entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/nyyddkz1mkfji1gxawnawimi5f4z93m7-mesa-20.2.4 guix package: error: ... propagated from tigervnc-server@1.11.0 guix package: error: second entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/mr4scjh2srkhc95jws04rng63ikavwyz-mesa-20.2.4 guix package: error: ... propagated from gtk+@3.24.24 guix package: error: ... propagated from xfce4-panel@4.16.3 hint: Try upgrading both `tigervnc-server' and `xfce4-panel', or remove one of them from the profile.
Nope, same issue. Let's try updating them all in one line, although I
would expect that the be the same thing as a plain guix package -u
.
guix package -u qtbase tigervnc-server xfce4-panel
The following packages will be upgraded: qtbase (dependencies or package changed) tigervnc-server (dependencies or package changed) xfce4-panel (dependencies or package changed) substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 4.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 8.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 12.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 16.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 20.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 24.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 28.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 32.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 36.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 40.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 44.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 48.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 52.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 56.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 60.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 64.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 68.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 72.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 76.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 80.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 84.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 88.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 92.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 96.0% substitute: updating substitutes from 'https://ci.guix.gnu.org'... 100.0% substitute: updating substitutes from 'https://bordeaux.guix.gnu.org'... 50.0% substitute: updating substitutes from 'https://bordeaux.guix.gnu.org'... 100.0% 223.0 MB will be downloaded #################] 100.0% at-spi2-core-2.34.0-doc 5KiB 389KiB/s 00:00 [##################] 100.0% cmake-minimal-3.16.5 5.6MiB 989KiB/s 00:01 [# ] 8.9% cmake-minimal-3.16.5 5.6MiB 1.9MiB/s 00:01 [#### ] 24.5% cmake-minimal-3.16.5 5.6MiB 2.6MiB/s 00:01 [######## ] 44.6% cmake-minimal-3.16.5 5.6MiB 3.2MiB/s 00:01 [############ ] 66.9% cmake-minimal-3.16.5 5.6MiB 3.5MiB/s 00:01 [############### ] 87.0% cmake-minimal-3.16.5 5.6MiB 2.9MiB/s 00:02 [################ ] 89.2% cmake-minimal-3.16.5 5.6MiB 2.6MiB/s 00:02 [################ ] 91.4% cmake-minimal-3.16.5 5.6MiB 2.6MiB/s 00:02 [##################] 100.0% cmake-minimal-3.16.5 5.6MiB 2.5MiB/s 00:02 [##################] 100.0% #################] 100.0% libxfce4util-4.16.0 124KiB 1.3MiB/s 00:00 [##################] 100.0% #################] 100.0% libxres-1.2.0 9KiB 629KiB/s 00:00 [##################] 100.0% ] 10.1% python-pygments-2.7.4 1.2MiB 2.6MiB/s 00:00 [########## ] 60.7% python-pygments-2.7.4 1.2MiB 2.9MiB/s 00:00 [##################] 100.0% qtbase-6.1.1 14.4MiB 1.9MiB/s 00:01 [# ] 7.0% qtbase-6.1.1 14.4MiB 2.1MiB/s 00:01 [## ] 11.3% qtbase-6.1.1 14.4MiB 2.1MiB/s 00:01 [## ] 14.8% qtbase-6.1.1 14.4MiB 2.0MiB/s 00:01 [### ] 17.4% qtbase-6.1.1 14.4MiB 2.0MiB/s 00:01 [### ] 20.0% qtbase-6.1.1 14.4MiB 3.8MiB/s 00:02 [####### ] 44.4% qtbase-6.1.1 14.4MiB 3.7MiB/s 00:02 [######### ] 54.0% qtbase-6.1.1 14.4MiB 4.6MiB/s 00:02 [############# ] 73.1% qtbase-6.1.1 14.4MiB 4.6MiB/s 00:03 [############## ] 81.0% qtbase-6.1.1 14.4MiB 4.7MiB/s 00:03 [################ ] 89.7% qtbase-6.1.1 14.4MiB 4.6MiB/s 00:03 [################# ] 95.8% qtbase-6.1.1 14.4MiB 4.7MiB/s 00:03 [##################] 100.0% #################] 100.0% startup-notification-0.12 37KiB 2.3MiB/s 00:00 [##################] 100.0% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 2.6MiB/s 00:00 [ ] 0.3% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 3.3MiB/s 00:00 [ ] 0.7% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.1MiB/s 00:01 [ ] 1.2% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.2MiB/s 00:01 [ ] 1.6% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.2MiB/s 00:01 [ ] 2.0% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.4MiB/s 00:01 [ ] 2.5% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:02 [ ] 3.0% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:02 [ ] 3.6% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:02 [ ] 4.1% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.9MiB/s 00:02 [ ] 4.6% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:02 [ ] 5.0% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:03 [ ] 5.4% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.7MiB/s 00:03 [# ] 5.8% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.7MiB/s 00:03 [# ] 6.2% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:03 [# ] 6.5% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:03 [# ] 7.0% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.5MiB/s 00:04 [# ] 7.3% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.5MiB/s 00:04 [# ] 7.7% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.5MiB/s 00:04 [# ] 8.1% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.5MiB/s 00:04 [# ] 8.4% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.5MiB/s 00:05 [# ] 8.8% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.4MiB/s 00:05 [# ] 9.2% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.5MiB/s 00:05 [# ] 9.7% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.5MiB/s 00:05 [# ] 10.2% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:05 [# ] 10.8% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:06 [## ] 11.3% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:06 [## ] 11.7% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:06 [## ] 12.1% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:06 [## ] 12.5% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:06 [## ] 13.0% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:07 [## ] 13.5% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.7MiB/s 00:07 [## ] 13.9% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:07 [## ] 14.3% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:07 [## ] 14.6% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:08 [## ] 15.2% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:08 [## ] 15.6% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:08 [## ] 16.1% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:08 [## ] 16.6% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.6MiB/s 00:08 [### ] 17.0% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.7MiB/s 00:09 [### ] 17.5% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.7MiB/s 00:09 [### ] 18.0% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.7MiB/s 00:09 [### ] 18.5% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.7MiB/s 00:09 [### ] 19.0% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.7MiB/s 00:09 [### ] 19.4% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.7MiB/s 00:10 [### ] 19.9% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.7MiB/s 00:10 [### ] 20.4% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:10 [### ] 21.0% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:10 [### ] 21.4% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:10 [### ] 21.9% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:11 [#### ] 22.4% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:11 [#### ] 22.8% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:11 [#### ] 23.3% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:11 [#### ] 23.7% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:12 [#### ] 24.2% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:12 [#### ] 24.7% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.8MiB/s 00:12 [#### ] 25.3% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.9MiB/s 00:12 [#### ] 25.8% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.9MiB/s 00:12 [#### ] 26.4% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.9MiB/s 00:13 [#### ] 26.8% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.9MiB/s 00:13 [#### ] 27.3% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.9MiB/s 00:13 [##### ] 27.9% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.9MiB/s 00:13 [##### ] 28.4% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 4.9MiB/s 00:13 [##### ] 29.0% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 5.0MiB/s 00:14 [##### ] 29.5% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 5.0MiB/s 00:14 [##### ] 30.1% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 5.0MiB/s 00:14 [##### ] 30.6% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 5.0MiB/s 00:14 [##### ] 31.2% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 5.0MiB/s 00:15 [##### ] 31.7% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 5.0MiB/s 00:15 [##### ] 32.2% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 5.0MiB/s 00:15 [##### ] 32.8% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 5.1MiB/s 00:15 [##### ] 33.3% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 5.1MiB/s 00:15 [###### ] 33.8% qtbase-6.1.1-debug 229.5MiB 5.1MiB/s 00:16 [###### ] 34.3% 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[ ] 0% [ ] 1% [ ] 1% [ ] 1% [# ] 1% [# ] 2% [# ] 2% [# ] 2% [# ] 2% [## ] 1% [# ] 2% [## ] 2% [## ] 3% [## ] 3% [## ] 3% [## ] 3% [### ] 3% [### ] 4% [### ] 4% [### ] 4% [### ] 4% [### ] 4% [#### ] 4% [#### ] 5% [#### ] 5% [#### ] 5% [#### ] 5% [#### ] 5% [##### ] 5% [##### ] 6% [##### ] 6% [##### ] 6% [##### ] 6% [##### ] 6% [###### ] 7% [###### ] 7% [###### ] 7% [###### ] 7% [###### ] 7% [####### ] 7% [####### ] 8% [####### ] 8% [####### ] 8% [####### ] 8% [####### ] 8% [######## ] 8% [######## ] 9% [######## ] 9% [######## ] 9% [######## ] 9% [######## ] 9% [######### ] 10% [######### ] 10% [######### ] 10% [######### ] 10% [######### ] 10% [######### ] 10% [########## ] 11% [########## ] 11% [########## ] 11% [########## ] 11% [########## ] 11% [########## ] 11% [########### ] 12% [########### ] 12% [########### ] 12% [########### ] 12% [########### ] 12% [########### ] 13% [############ ] 13% [############ ] 13% [############ ] 13% [############ ] 13% [############ ] 13% 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That worked. It appears that the order may matter for upgrades.
However, the upgrade didn't fix the underlying issue. The next time I tried to upgrade, several days later, the same error apeared and the previous sequence no longer worked. Instead, it took me in a circle:
ahab@pequod ~$ guix package -u guix package: warning: package 'python-plover-python-dictionary' no longer exists The following packages will be upgraded: dbus-glib (dependencies or package changed) dconf (dependencies or package changed) dosfstools (dependencies or package changed) emacs (dependencies or package changed) emacs-guix (dependencies or package changed) evince (dependencies or package changed) ffmpeg (dependencies or package changed) gimp 2.10.24 -> 2.10.28 git (dependencies or package changed) greybird-gtk-theme (dependencies or package changed) guvcview (dependencies or package changed) gvfs (dependencies or package changed) harfbuzz 2.6.4 -> 3.0.0 icecat 78.14.0-guix0-preview1 -> 78.15.0-guix0-preview1 imagemagick (dependencies or package changed) key-mon (dependencies or package changed) ledger (dependencies or package changed) libnotify (dependencies or package changed) linux-libre-headers 5.14.6 -> 5.14.11 mit-scheme (dependencies or package changed) mpv (dependencies or package changed) mypaint (dependencies or package changed) nomacs (dependencies or package changed) obs (dependencies or package changed) openssh 8.7p1 -> 8.8p1 pavucontrol (dependencies or package changed) plover (dependencies or package changed) python (dependencies or package changed) python-dbus (dependencies or package changed) python-language-server (dependencies or package changed) python-pyqt (dependencies or package changed) python-pyqt-builder (dependencies or package changed) python-pyqt5-sip (dependencies or package changed) python-pyside-2 (dependencies or package changed) python-tox (dependencies or package changed) python2-dbus (dependencies or package changed) qtbase (dependencies or package changed) racket (dependencies or package changed) redshift (dependencies or package changed) ripgrep (dependencies or package changed) simple-scan (dependencies or package changed) simplescreenrecorder (dependencies or package changed) sox (dependencies or package changed) thunar-volman (dependencies or package changed) tigervnc-server (dependencies or package changed) ungoogled-chromium 92.0.4515.159-0.8164c91 -> 94.0.4606.81-1 vim 8.2.2689 -> 8.2.3487 xev (dependencies or package changed) xfce4-calculator-plugin (dependencies or package changed) xfce4-notifyd (dependencies or package changed) xfce4-panel (dependencies or package changed) xfce4-pulseaudio-plugin (dependencies or package changed) xfce4-screenshooter (dependencies or package changed) xfce4-systemload-plugin (dependencies or package changed) xfce4-taskmanager (dependencies or package changed) xfce4-time-out-plugin (dependencies or package changed) xfce4-timer-plugin (dependencies or package changed) xfce4-wavelan-plugin (dependencies or package changed) xfce4-xkb-plugin (dependencies or package changed) xhost (dependencies or package changed) xsane (dependencies or package changed) xsensors (dependencies or package changed) guix package: error: profile contains conflicting entries for harfbuzz guix package: error: first entry: harfbuzz@2.6.4 /gnu/store/kpknxy9xfpcwh8waa9lfzcm7jdii5smm-harfbuzz-2.6.4 guix package: error: ... propagated from pango@1.44.7 guix package: error: ... propagated from gtk+@3.24.24 guix package: error: ... propagated from xfce4-panel@4.16.3 guix package: error: second entry: harfbuzz@3.0.0 /gnu/store/3cg8z3q1ga7y7gn4y2vqzvzb6gwx5i4i-harfbuzz-3.0.0 hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `harfbuzz', or remove one of them from the profile. ahab@pequod ~$ guix package -u xfce4-panel harfbuzz The following packages will be upgraded: harfbuzz 2.6.4 -> 3.0.0 xfce4-panel (dependencies or package changed) guix package: error: profile contains conflicting entries for glib guix package: error: first entry: glib@2.62.6 /gnu/store/3374zddwfb0m8711k2jrvhwr1s2fkvq3-glib-2.62.6 guix package: error: ... propagated from at-spi2-core@2.34.0 guix package: error: ... propagated from at-spi2-atk@2.34.1 guix package: error: ... propagated from gtk+@3.24.24 guix package: error: ... propagated from xfce4-panel@4.16.3 guix package: error: second entry: glib@2.62.6 /gnu/store/27xq83rm2f45y5yq9i3ydpnc2mdj5hgs-glib-2.62.6 guix package: error: ... propagated from libnotify@0.7.9 hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `libnotify', or remove one of them from the profile. ahab@pequod ~$ guix package -u xfce4-panel harfbuzz libnotify The following packages will be upgraded: harfbuzz 2.6.4 -> 3.0.0 libnotify (dependencies or package changed) xfce4-panel (dependencies or package changed) guix package: error: profile contains conflicting entries for glib guix package: error: first entry: glib@2.62.6 /gnu/store/3374zddwfb0m8711k2jrvhwr1s2fkvq3-glib-2.62.6 guix package: error: ... propagated from at-spi2-core@2.34.0 guix package: error: ... propagated from at-spi2-atk@2.34.1 guix package: error: ... propagated from gtk+@3.24.24 guix package: error: ... propagated from xfce4-panel@4.16.3 guix package: error: second entry: glib@2.62.6 /gnu/store/27xq83rm2f45y5yq9i3ydpnc2mdj5hgs-glib-2.62.6 guix package: error: ... propagated from dbus-glib@0.110 hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `dbus-glib', or remove one of them from the profile. ahab@pequod ~$ guix package -u xfce4-panel harfbuzz libnotify dbus-glib The following packages will be upgraded: dbus-glib (dependencies or package changed) harfbuzz 2.6.4 -> 3.0.0 libnotify (dependencies or package changed) xfce4-panel (dependencies or package changed) guix package: error: profile contains conflicting entries for glib guix package: error: first entry: glib@2.62.6 /gnu/store/3374zddwfb0m8711k2jrvhwr1s2fkvq3-glib-2.62.6 guix package: error: ... propagated from at-spi2-core@2.34.0 guix package: error: ... propagated from at-spi2-atk@2.34.1 guix package: error: ... propagated from gtk+@3.24.24 guix package: error: ... propagated from xfce4-panel@4.16.3 guix package: error: second entry: glib@2.62.6 /gnu/store/27xq83rm2f45y5yq9i3ydpnc2mdj5hgs-glib-2.62.6 guix package: error: ... propagated from dconf@0.36.0 hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `dconf', or remove one of them from the profile. ahab@pequod ~$ guix package -u xfce4-panel harfbuzz libnotify dbus-glib dconf The following packages will be upgraded: dbus-glib (dependencies or package changed) dconf (dependencies or package changed) harfbuzz 2.6.4 -> 3.0.0 libnotify (dependencies or package changed) xfce4-panel (dependencies or package changed) guix package: error: profile contains conflicting entries for mesa guix package: error: first entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/qh60cbpv5g5698xgh305gnyjkf1s9jmd-mesa-20.2.4 guix package: error: ... propagated from gtk+@3.24.24 guix package: error: ... propagated from xfce4-panel@4.16.3 guix package: error: second entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/nyyddkz1mkfji1gxawnawimi5f4z93m7-mesa-20.2.4 guix package: error: ... propagated from qtbase@6.1.1 hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `qtbase', or remove one of them from the profile. ahab@pequod ~$ guix package -u xfce4-panel harfbuzz libnotify dbus-glib dconf qtbase The following packages will be upgraded: dbus-glib (dependencies or package changed) dconf (dependencies or package changed) harfbuzz 2.6.4 -> 3.0.0 libnotify (dependencies or package changed) qtbase (dependencies or package changed) xfce4-panel (dependencies or package changed) guix package: error: profile contains conflicting entries for mesa guix package: error: first entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/qh60cbpv5g5698xgh305gnyjkf1s9jmd-mesa-20.2.4 guix package: error: ... propagated from qtbase@6.1.1 guix package: error: second entry: mesa@20.2.4 /gnu/store/nyyddkz1mkfji1gxawnawimi5f4z93m7-mesa-20.2.4 guix package: error: ... propagated from tigervnc-server@1.11.0 hint: Try upgrading both `qtbase' and `tigervnc-server', or remove one of them from the profile. ahab@pequod ~$ guix package -u xfce4-panel harfbuzz libnotify dbus-glib dconf qtbase tigervnc-server The following packages will be upgraded: dbus-glib (dependencies or package changed) dconf (dependencies or package changed) harfbuzz 2.6.4 -> 3.0.0 libnotify (dependencies or package changed) qtbase (dependencies or package changed) tigervnc-server (dependencies or package changed) xfce4-panel (dependencies or package changed) guix package: error: profile contains conflicting entries for harfbuzz guix package: error: first entry: harfbuzz@2.6.4 /gnu/store/kpknxy9xfpcwh8waa9lfzcm7jdii5smm-harfbuzz-2.6.4 guix package: error: ... propagated from pango@1.44.7 guix package: error: ... propagated from gtk+@3.24.24 guix package: error: ... propagated from xfce4-panel@4.16.3 guix package: error: second entry: harfbuzz@3.0.0 /gnu/store/3cg8z3q1ga7y7gn4y2vqzvzb6gwx5i4i-harfbuzz-3.0.0 hint: Try upgrading both `xfce4-panel' and `harfbuzz', or remove one of them from the profile. ahab@pequod ~$
Lessons learned
What is a profile?
A profile is a directory of symlinks located at ~/.guix-profile
.
Propagated inputs can cause conflicts
Propagated inputs are treated somehow differently. It's still not 100% clear how or why, but it's good to know they're a potential source of errors.
Package upgrades can be run in different orders
By using guix package -u
to specify a regex, the upgrade order can
be changed. The order packages are upgraded may make a difference.
Guix is resilient
On one hand, Guix caused the problem by not being able to handle
propagated inputs. On the other, resolving things was as simple as
guix remove harfbuzz
. My system wasn't put in an unusable state and
I have confidence that nothing weird is going on behind the scenes;
the issue really boiled down to an unneeded symlink. I simply removed
the unneeded package from the store and removed the symlink from the
profile. Nothing else should have changed on the system.
Footnotes:
Strangely, harfbuzz
version 3 didn't show up in guix package
--list-generations | grep harfbuzz
. It's not clear where the version
3 came from.